Блок "Шаблон доступен для" отвечает за доступность шаблона в разделах приложения.

Использовать только в бизнес-процессах: данный параметр позволят исключить формирование документа в контексте приложения. Если данная галочка отмечена, документ будет создаваться только в рамках бизнес-процесса.

Данный шаблон будет доступен в списке сделок и счетов. Данный механизм позволяет создавать универсальные шаблоны.
В зависимости от выбранного типа объекта, будет формироваться контекстное меню в области редактирования шаблона.

По умолчанию любой шаблон доступен для всех пользователей.

Вы можете ограничить использование шаблона определенными сотрудниками.

В результате такой настройки этот шаблон документа смогут использовать только сотрудника из списка. Остальные сотрудники не буду знать о существовании этого шаблона.