Для корректно настройки работы с системными полями "НДС" и "Цена включает НДС" в МоемСкладе можно воспользоваться данными настройками.
Необходимо в пользовательских полях сделки создать два поля с типом "Да/Нет". Не включайте множественный признак!
Можно задать значение по умолчанию для каждого поля.
Далее в настройках приложения в МоемСкладе добавьте соответствия для системных полей МоегоСклада и пользовательских полей Битрикс24.