На закладке "Простые товары" настраиваются свойства товаров Битрикс24, в которые будут синхронизироваться остатки товаров из МоегоСклада.

Для удобства можно создать дополнительное свойство типа "дата/время" для сохранения момента актуализации остатка в Битрикс24.

Вы можете настроить синхронизацию только для определенных складов. Не обязательно создавать в Битрикс24 поля для каждого склада.