Выгружать компании при записи - если отметить этот флаг, то при сохранении (добавлении \ изменении) компании в Битрикс24 или МойСклад, она автоматически будет выгружена в МойСклад или Битрикс24.
Если этот флаг не отмечен, компания будет выгружена только при выгрузке документа (сделка или счет), связанного с этой компанией.
Важно: изменение данного флага требует сохранения настроек приложения.
Загружать физические лица как - Вы можете указать в какой справочник Битрикс24 загружать физических лиц из МоегоСклада.